农业微生物技术教育部工程研究中心（黑龙江大学）成立于2006年7月的教育部工程研究中心，坐落在黑龙江大学呼兰校区。中心整合了黑龙江大学分子生物学省高校重点实验室和微生物学省高校重点实验室的优势资源，由黑龙江大学生命科学学院负责建设和管理。

农业微生物技术教育部工程研究中心广西分中心成立于2019年10月，由广西民族大学与黑龙江大学合作共建，中心在“创新、产业化”方针指引下，以市场为导向，通过项目的工程化开发加速农业微生物技术成果的转化。形成了农业微生物发酵与酶技术、农业土壤生态修复、农业微生物食品与生物制品和植物抗病育种与生物防治四个研究方向。